Если сервер или сетевое соединение дает сбой, сообщения сохраняются в очередях MQ и при восстановлении работы посылаются повторно. WebSphere MQ рассчитано на обслуживание очень высоких объемов транзакций. Конфигуратор MQ 6 выполнен на базе обобщенного пользовательского интерфейса Eclipse Workbench — на данный стандарт в IBM планируют перевести многие из ее программных продуктов. Имеющиеся в компаниях среды обмена файлов по FTP новая версия позволяет переключить на протокол MQ. В варианте для мэйнфреймов IBM zSeries в MQ размер очередей увеличен до 4 Гбайт, а, кроме того, появились 100-мегабайтные очереди, которыми могут одновременно пользоваться несколько приложений. MQ поддерживает протоколы Web-сервисов: средствами MQ можно передавать SOAP-сообщения, причем с компрессией. Кроме того, как сообщают в IBM, пакет MQ стал теснее связан с сервером приложений WebSphere Application Server.