По словам советника гендиректора "Атласа" Анатолия Бескоровайного, разработка велась за собственный счет предприятия, а ФНС средства не перевела. "Атлас" считает, что модули ЕГАИС, уже установленные на предприятиях (за их счет), являются его интеллектуальной собственностью, и, теоретически, могут быть даже изъяты. Сумма вознаграждения, которое желает получить "Атлас", не названа. Между тем, в результате конкурса, контракт на совершенствование ЕГАИС получил ФГУП ГНИВЦ ФНС. "Атлас", таким образом, от процесса оказался отстранен.