Власти США подозревают его в получении доступа к 97 компьютерам правительства в период с февраля 2001 по март 2002 года, копировании с них файлов и уничтожении данных. В числе взломанных - системы, используемые в цепочке поставок военного снаряжения и продовольствия ВМФ США и NASA. Одна из атак предположительно стала причиной уничтожения системных файлов и протоколов, из-за которого вышли из строя 300 компьютеров на одной из баз ВМФ США, что произошло вскоре после терактов 11 сентября 2001 года. По словам Маккиннона, сети, к которым он получал доступ, часто были слабо защищенными, с легко угадываемыми паролями администратора.