Несмотря на то что достоинств у этой технологии гораздо больше, чем недостатков, о последних не стоит забывать. Особенно это касается сложности управления и обеспечения безопасности. С расширением использования виртуализации (особенно в применении к облачным вычислениям) риски могут стать более серьезными. Управление виртуальной средой остается непростой задачей, несмотря на совершенствование программных средств. Лишь немногие инструменты виртуализации интегрируются с программным обеспечением управления уровня ЦОД, таким как IBM Tivoli. Кроме того, сегодня технология гипервизоров виртуализации открывает широкие возможности для различных угроз безопасности. Вендорам предстоит также решить некоторые проблемы лицензирования программных средств виртуализации.