Годовой оборот компании в рублях по сравнению с показателем 2008 года вырос на 14% и составил 8,7 млрд руб. Как и раньше, большую часть доходов компании (около 86%) принесла контекстная реклама, около 11% пришлось на медийную рекламу. За год средняя сумма рекламного бюджета, приходящаяся на одного клиента, снизилась, но общее количество клиентов выросло на 55%. За 2009 год "Яндекс" показал объявления более 120 тыс. рекламодателей.

По данным TNS Россия, ежемесячная аудитория "Яндекса" выросла за год на 29% и в декабре 2009 года составила 22,7 млн пользователей. По данным ComScore, в 2009 году "Яндекс" стал самой быстрорастущей поисковой системой в мире — рост количества поисковых запросов составил 91%.

В 2009 году Яндекс запустил новую поисковую платформу, которая использует собственный оригинальный алгоритм машинного обучения (MatrixNet), что позволило, в частности, показывать локальные результаты поиска пользователям из 1250 российских городов.