В планах Microsoft на ближайшие годы стоит тесная интеграция сервера управления бизнес-процессами BizTalk Server с недавно анонсированным сервером .NET-приложений Windows Server AppFabric, бета-версия которого выйдет в следующем году. AppFabric упрощает процессы развертывания и управления приложениями, которые запускаются на локальных серверах Windows Server и на облачной платформе Windows Azure. AppFabric объединяет хостинговые и кеширующие технологии, прежде известные под кодовыми именами Dublin и Velocity, с Windows Azure AppFabric Service Bus и AppFabric Access Control, ранее фигурировавшими как .NET Services. Данный функционал в корне отличается от предоставляемых BizTalk Server возможностей интеграции .NET-приложений с приложениями и потоками данных, реализованными не на платформе .NET.

Параллельно Microsoft готовится выпустить в следующем году BizTalk Server 2009 R2. Обновления будут небольшими и затронут интерфейсную и внутреннюю части продукта, облегчающие программистам процесс связи .NET-приложений с другими платформами.