FreeBSD, используется в некоторых версиях систем Windows, в частности, в разделе "TCP/IP" для поддержки всех связей с Internet. Кроме того, FreeBSD используется на многочисленных "серверных" компьютерах, управляющих основными функциями службы бесплатной электронной почты Hotmail, число подписчиков которой превышает 1 млн. пользователей. Факт использования FreeBSD установил недавно один из ее разработчиков Тревор Джонсон при помощи стандартных инструментов мониторинга Internet. Когда корпорация в 1997 году приобрела Hotmail, в некоторых фрагментах этой системы использовалась FreeBSD, и представители Microsoft пояснили, что это временное положение и что со временем они будут заменены. Однако представители другого лагеря уверены, что возможности FreeBSD просто значительно превосходят те, что может обеспечить Windows. При этом Microsoft настойчиво проводит мысль, что открытое программное обеспечение опасно для компаний в связи с недостаточно надежной защитой.