Исследователи IBM намерены проникнуть в самое сердце экономических ресурсов Африки, раскрыв тайну генома какао - растения, которое для многих людей, особенно на западе Африки, является основным источником существования

Недавно Голубой Гигант инвестировал 120 млн долл. в проект укрепления ИТ-инфраструктуры Черного континента, рассчитанный на два года. А в конце июня в Йоханнесбурге был открыт первый центр "вычислений в облаке" (cloud computing).

Исследователи IBM намерены проникнуть в самое сердце экономических ресурсов Африки, раскрыв тайну генома какао - растения, которое для многих людей, особенно на западе Африки, является основным источником существования. Ученые попытаются раскрыть генетические резервы генома дерева, влияющие на повышение устойчивости к засухам и воздействию вредителей. Это позволит регулярно собирать высокие урожаи, которые традиционно вносят весьма существенный вклад в африканскую экономику.

Приятное с полезным

Саму по себе структуру генома раскрыть достаточно просто - трудность заключается в том, чтобы понять его характерные особенности, придающие растениям определенные свойства, например аромат и устойчивость к воздействию вредителей."Какао является важнейшей культурой для африканских стран, - отметил менеджер группы биоинформатики и изучения африканских биологических структур подразделения IBM Research Исидор Ригуцос. - Увеличив урожайность, вы получите больше готовой продукции и будете способствовать росту дохода фермеров".

По данным ассоциации World Cocoa Foundation, основными поставщиками какао в 2007 году стали Кот д'Ивуар, Гана, Нигерия и Камерун.

"Корпорация IBM оказывает африканским странам гуманитарную помощь, что можно только приветствовать, но вместе с тем она пытается подготовить почву для поставок своих суперкомпьютеров Blue Gene, - пояснил президент аналитической компании Clabby Analytics Джо Клэбби. - Производители компьютеров всегда стремятся доказать, что именно они поставляют самые лучшие и самые мощные продукты. Что касается Blue Gene, то это настоящий монстр в части выполнения вычислений с многочисленными условными переходами".

Без сомнения, IBM преследует определенные коммерческие цели. Корпорация намерена расширять свое присутствие на развивающихся рынках и в долгосрочной перспективе получать прибыль за счет размещения в регионе значительных вычислительных ресурсов для проведения различных прикладных исследований.

На Африку приходится около 70% общего объема мировых продаж какао, а понимание генома поможет повысить урожайность, что в свою очередь будет способствовать укреплению экономики африканских стран. Растущие африканские экономики открывают перед IBM хорошие возможности для развития бизнеса, поэтому компания инвестирует довольно большие средства в укрепление инфраструктуры данного региона.

Ген аромата

"Сама структура генома раскрывается достаточно просто. Трудность заключается в том, чтобы понять его характерные особенности, придающие растениям определенные свойства, например аромат и устойчивость к воздействию вредителей", - пояснил Ригуцос.

Получить структуру генома какао, состоящего примерно из 400 млн оснований ДНК, исследователи IBM могут уже через несколько месяцев. После этого с помощью технологий добычи данных они рассчитывают выделить те информационные подмножества, которые и отвечают за придание растениям конкретных свойств.

"Для понимания причин, лежащих в основе этих свойств, точно так же как и в случае с человеческим геномом, ученым понадобится по крайней мере несколько лет", - отметил Ригуцос.

В человеческом геноме содержится около 3 млрд оснований ДНК - в восемь раз больше, чем в геноме какао. Распознавание полной структуры генома человека уже само по себе представляет очень сложную задачу, а понимание того, как подмножества данных влияют на те или иные свойства человека, выливается в еще более серьезную проблему.

"Вопрос заключается в том, чтобы распознать слова и смысл, скрывающийся за отдельными сочетаниями букв, - пояснил Ригуцос. - Чем больше у вас будет информации, от которой можно отталкиваться, тем лучше. А поскольку готовой модели нет, придется начать с изучения огромного объема данных. Возможно, нам придется иметь дело с тысячами различных экземпляров деревьев какао".

И для мировой науки - тоже

Проект, проводимый при поддержке Министерства сельского хозяйства США и корпорации Mars, известного производителя продуктов питания, рассчитан на пять лет.

Помимо развертывания корпорацией IBM в Африке необходимой ИТ-инфраструктуры, проект предусматривает совместное использование современного программного обеспечения и биотехнологий. Он поможет усовершенствовать технологии добычи данных и анализа, которые в дальнейшем будут применяться при изучении других геномов.

"В проектах, над которыми ученые работали ранее, в том числе и при изучении человеческого генома, использовались ограниченные вычислительные мощности, а исследователи не обладали необходимыми техническими знаниями, - отметил Ригуцос. - Применение современных высокопроизводительных вычислительных систем в сочетании с деятельностью хорошо подготовленных исследователей, знакомых с технологиями добычи данных, должно помочь корпорации IBM ускорить достижение цели, стоящей перед участниками проекта.

Поделитесь материалом с коллегами и друзьями