Возглавит совет президент России Дмитрий Медведев. В состав совета вошли замглавы правительства Сергей Собянин, первый замглавы администрации президента Владислав Сурков, помощник президента Аркадий Дворкович, вице-премьер Алексей Кудрин, глава Минэкономразвития Эльвира Набиуллина, глава Минобрнауки Андрей Фурсенко, председатель наблюдательного совета Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере Иван Бортник, глава ВЭБ Владимир Дмитриев и президент Российской академии наук Юрий Осипов. Попечительский совет Фонда является надзорным органом. Также сформирован Совет фонда, высший орган управления. Кроме того, в системе управления создан специальный экспертный орган - Консультативный научный совет Фонда, сопредседателями которого стали лауреаты Нобелевской премии Жорес Алферов и Роджер Дэвид Корнберг.
Президентом фонда является Виктор Вексельберг.