Основные усовершенствования новой версии системы электронного документооборота «БОСС-Референт» 3.2.1, по заявлению ее разработчиков в компании «БОСС-Референт», коснулись пользовательского интерфейса, который стал удобнее и проще. Версия 3.2.1 получила новую главную страницу, дизайн которой напоминает об элементах повседневной офисной работы – ежедневнике и визитнице. В «Ежедневнике» отображаются задачи пользователя на текущий и следующий день, а также задачи, срок исполнения которых просрочен или скоро наступит. «Визитница» упрощает доступ к контактам, отображая «визитку» нужного контакта с самой необходимой информацией, такой как фамилия и имя, должность, телефон, адрес электронной почты. Кроме того, разработчики «БОСС-Референт» изменили внешний вид и структуру карточек документов в системе, также для повышения удобства работы с ними. Среди изменений  функциональных возможностей решения — оптимизация средства поиска, реализация механизмов сбора статистических данных по находящимся в работе документам в модулях «Принятие решений» и «Поручения», упрощение процедуры делегирования полномочий по согласованию документов. На уровне «Справочника организации» встроена интеграция с LDAP-каталогами, позволяющая получать данные из произвольной системы учета кадров. В новой версии в дополнение к поддержке Linux в серверном компоненте системы реализована возможность работы под управлением этой ОС на клиентской машине.