Более 80% продаж принесла контекстная реклама (поисковая, включая службу "Яндекс.Маркет" и тематическая, включая рекламную сеть "Яндекса"), оставшаяся часть рекламных продаж пришлась на медийную (баннерную) рекламу. Число рекламодателей в системе "Яндекс.Директ" выросло в полтора раза: контекстные объявления в результатах поиска в 2006 году размещали более 30 тыс. клиентов, за год было показано более 11 млрд. таких объявлений. Помимо появления новых инструментов для рекламодателей: автофокус, автобюджет, возможность размещать свои телефоны и адреса прямо на портале, в 2006 году "Яндекс" снизил порог входа для размещения объявлений в "Яндекс.Директе": теперь минимальная стоимость перехода составляет 30 коп. В конце года "Яндекс" начал принимать в свою рекламную сеть сайты, принадлежащие частным лицам. Продажи медийной рекламы на "Яндексе" также удвоились по отношению к 2005 году.