Набор механизмов языков сценариев можно найти на сайте Java, а в состав Java SE 6 входит сконфигурированная версия механизма JavaScript Rhino, разработанного в рамках одного из проектов Mozilla. Java SE 6 стала также первой версией платформы, в разработке которой участвовали не только программисты Sun. По просьбам разработчиков в комплект поставки Java SE 6 включена интегрированная среда разработки NetBeans, в результате чего платформа получила дизайнер пользовательских интерфейсов на базе проекта NetBeans GUI Builder. По словам специалистов Sun, они немало поработали над оптимизацией виртуальной машины Java HotSpot и механизмом сборки мусора, чтобы обеспечить Java SE хорошую производительность без дополнительного конфигурирования. Реализована поддержка беспроблемного использования API-интерфейсов Windows Vista в Java. В марте в рамках проекта OpenJDK новая версия Java SE будет целиком опубликована в открытых кодах.