По сообщению пользователей, при запуске Java-аплетов в браузере эффекты Aero прекращают действовать. Как выяснили в Sun, это связано с особенностями работы Java, из-за которых диспетчер не может получить доступ к ресурсам, необходимым для отрисовки рабочего стола. В Vista работоспособны все версии Java, вышедшие до восьмого обновления Java SE 5.0, однако они блокируют диспетчер рабочих столов. В Sun выработали обходное решение проблемы, которое будет задействовано в новой версии Java - Standard Edition 6, выходящей в ноябре. Как заявляют в Sun, в Java SE 6 также будут устранены и остальные проблемы совместимости платформы с Vista.