Функционал программу включает в себя проверку всех сообщений в почтовом трафике и удаление всех найденных вредоносных программ в режиме реального времени. Настройка и управление решением осуществляется с помощью инструментов администрирования, предусмотренных в Clearsweet MIMESweeper, что позволяет применить гибкую политику безопасности в рамках защищаемой сети - в частности, в случае, если настройки приложения MIMESweeper предусматривают групповые правила обработки сообщений, такие правила могут применяться и к антивирусной проверке почтовой переписки. При обнаружении зараженного сообщения администратор системы получает уведомление по электронной почте. Информация о работе приложения и обнаруженных вредоносных программах фиксируется в специальных файлах и базах данных, что позволяет при необходимости определить, откуда было прислано зараженное письмо.