RTLinux поставляется с патентной лицензией на одну из программных технологий, задействованную в составе ПО, ограничивающей условия распространения ядра Linux вопреки GNU GPL. Как считают в FSF, использованная FSMLabs методика обработки прерываний в реальном времени уже применялась ранее и потому патентованию не подлежит. Поскольку FSF не имеет авторских прав на Linux, она не может юридическим путем принудить кого-либо к выполнению условий GPL. Однако организация, возможно, будет способствовать признанию патента недействительным.

Служба новостей IDG, Сан-Франциско