В новой версии добавлена поддержка Windows 2008 Server (для 32 и 64-разрядных платформ), в том числе в режиме Server Core, используемом для установки основных компонентов сервера. Также оптимизирован процесс начального шифрования диска, что должно обеспечить ускоренный ввод в эксплуатацию Secret Disk Server NG и повысить скорость работы с дисками. В версии 3.3 расширен список поддерживаемых средств криптографической защиты информации — можно подключать 64-разрядные версии сертифицированных российских средств защиты информации. Кроме того, теперь Secret Disk Server NG комплектуется новой редакцией модуля Secret Disk Alarm Service. В модуль также добавлена поддержка Windows 2008 Server (x86, x64), а проверку работоспособности сигнала «тревога» теперь можно проводить во время работы — без отключения дисков и перезагрузки сервера.