В числе основных функций UserGate Mail Server — управление учетными данными домена и пользователей, веб-клиент, поддержка списков рассылки, работа со службами каталогов и удаленными учетными записями, поддержка LDAP, а также гибкая и мощная система правил. Понятный интерфейс и возможность удаленного администрирования сервером делает управление этим устройством простым и удобным даже для обычного пользователя, не имеющего большого опыта настройки программных решений.
Для обеспечения безопасного доступа к почте в программе реализована поддержка протоколов SSL, POP3, SMTP и IMAP. Кроме того, в UserGate Mail Server интегрированы модули антивирусной проверки почтовых сообщений, а также эффективные инструменты для борьбы с почтовым спамом. Основной модуль защиты от спама построен на движке компании Commtouch, который также используется многими известными производителями программных продуктов и аппаратных решений (3‑om, CheckPoint, G-Data, F-Secure, Panda и другими). Работа движка основана на Recurrent Pattern Detection, контент-агностической технологии, способной обнаруживать и блокировать спам на любом языке. В качестве дополнительного модуля для борьбы со спамом используется движок SpamAssassin, сочетающий несколько методов анализа, распознавания и блокировки спам-сообщений.