Источник: lanl.gov

Новая версия программы Sequedex, разрабатываемой специалистами Лос-Аламосской национальной лаборатории, умеет распознавать ДНК вирусов, грибов, бактерий и прочих патогенов, принадлежащих любым ветвям филогенетического дерева. Созданный учеными алгоритм идентификации фрагментов ДНК по филогенетическим признакам резко сокращает затраты времени. По оценкам авторов, Sequedex работает в 250 тысяч раз быстрее, чем часто используемые программы пакета BLAST. Вычисления можно проводить на обычном ПК. Для идентификации вируса потребовалось примерно полдня, тогда как работа традиционными методами отняла бы несколько недель. Sequedex анализирует короткие последовательности ДНК и связывает их с филогенезом — положением данного фрагмента на эволюционном филогенетическом дереве — и с его известными функциями. В базе данных программы хранится большое количество ранее идентифицированных фрагментов. Даже если образец для анализа взят у организма, о котором программа еще не знает, принципы эволюционной генетики позволяют с большой вероятностью определить, к какому семейству он принадлежит и за какие функции отвечает.

Поделитесь материалом с коллегами и друзьями

Купить номер с этой статьей в PDF