Возглавит его президент России Дмитрий Медведев. В состав совета вошли замглавы правительства Сергей Собянин, первый замглавы администрации президента Владислав Сурков, вице-премьер Алексей Кудрин, ряд глав министерств и ведомств. Также сформирован Совет фонда, высший орган управления. Кроме того, в системе управления создан специальный экспертный орган — Консультативный научный совет фонда, сопредседателями которого стали лауреаты Нобелевской премии Жорес Алферов и Роджер Дэвид Корнберг.