Агентство было образовано в 2007 году, а в 2008 году началось формирование сети территориальных органов и подведомственных организаций Росграницы, в связи с чем возникла необходимость создания автоматизированной системы сведения бюджетной отчетности. Основным требованием к программному продукту стала возможность организации приема отчетности с помощью Web-технологий. В результате проведенного тендера проведение работ было доверено компании «Парус-Софт». На текущий момент система охватывает десять территориальных органов Росграницы.