Даже изначальные затраты на приобретение и внедрение ERP являются весьма значительными. Однако в процессе функционирования системы затраты на нее продолжают увеличиваться: решение должно развиваться вместе с компанией. Большинство компаний даже после внедрения несут существенные потери, связанные с адаптацией решений к бизнес-потребностям. По данным CFO Research, при этом 76% дорабатывают функциональность систем или даже дописывают новые модули, а 67% проводят интеграционные проекты. В 17% компаний необходимые доработки принимают такие масштабы, что выносится решение о перевнедрении систем.