Виртуализация, внедряемая без оглядки на политику безопасности, может вести к неприятным последствиям. Используемое для виртуализации ПО, как и все остальные программы, подвержено риску поражения. Ценой успешной атаки в данном случае станет нарушенная работоспособность всех приложений, выполняемых на одном сервере. Таким образом, ПО для создания виртуальных машин становится одним из наиболее приоритетных в плане защиты. Однако из-за слишком активного развития виртуализации многие ее уязвимости остались невыявленными, а решения еще не достигли зрелости. Как результат, по оценкам Gartner, до 2009 года 60% виртуальных серверов будут менее защищены, чем их физические аналоги.