Грядет прорыв в области программного обеспечения для молекулярной биологии
Авторы пакета Virtual Cloning Suite говорят, что с помощью этого программного пакета уже были успешно созданы порядка 20 клонов

Джереми Бруэн, профессор биологии в колледже гуманитарных и естественных наук при муниципальном университете Буффало, и Йангжоу Ванг, научный сотрудник из Медицинского исследовательского института имени Херберта Хауптмана и Хелен Вудвард-Ривас в Буффало, создают пакет виртуального клонирования — Virtual Cloning Suite. Работа ведется под эгидой основанной ими компании Virmatics.

По словам Бруэна, начать бета-тестирование нового программного продукта планируется к концу 2003 — началу 2004 года. Работа над пакетом ведется уже около двух лет. В своем недавнем сообщении Бруэн заявил, что переход ученых и исследователей к использованию новой программы при проведении экспериментов можно будет сравнить с переходом к применению текстовых процессоров вместо печатающих машинок. Бруэн подчеркнул также, что за 25 лет работы он имел дело со множеством программ для своей сферы и все они отличались чрезвычайной громоздкостью и требовали много времени для освоения и проведения расчетов. В результате большинство биологов до сих пор вынуждены выполнять вручную большую часть работы.

«Нынешние программы не поддерживают автоматическую передачу данных из одного пакета в другой», — сетует Бруэн. Это значит, что при проведении экспериментов с цепочками ДНК ученые вынуждены использовать приложения, которые не могут взаимодействовать друг с другом. Исследователям зачастую приходится иметь дело с 30-40 разными программами, если только они не напишут свою собственную.

Пакет, в разработке которого Бруэн принимает участие, использует наряду с базой генов «уникальную базу векторов, подобной которой раньше не существовало». Работая с ним, ученые задают параметры конкретного эксперимента по клонированию и вводят их в приложение, которое и генерирует группу цепочек ДНК, то есть виртуальный клон.

Затем цепочки ДНК встраиваются в векторы, которые представляют собой модели самовоспроизводящихся молекул ДНК. Выбор вектора приложение осуществляет в зависимости от вида проводимого эксперимента. В существующих приложениях, как правило, база векторов либо отсутствует, либо существует, но неполная и без комментариев.

Создание виртуального клона при помощи нынешних коммерческих программных продуктов, по словам Бруэна, может потребовать около полусотни шагов. В результате процесс может занять около часа. Используя разрабатываемый Бруэном и его коллегой пакет, по словам авторов, можно обойтись семью шагами и затратить на них менее двух минут. При этом программа хранит полученную информацию для использования в последующих экспериментах, избавляя от необходимости каждый раз начинать с нуля.

Поделитесь материалом с коллегами и друзьями