Все суперкомпьютеры IBM линейки Blue Gene будут управляться Linux. В качестве варианта рассматривалась возможность использования специализированной операционной системы, но выбор был сделан в пользу ОС с открытым кодом — благодаря ее гибкости и наличию обширного сообщества разработчиков, которые оперативно разрешают возникающие проблемы. Последнее пополнение в семействе Blue Gene — суперкомпьютер Blue Gene/L, который строится совместно IBM и Национальной лабораторией Лоуренса. Система будет по меньшей мере в 15 раз мощнее, чем лучшие из нынешних суперкомпьютеров, но будет занимать при этом впятеро меньше места. Строительство первого Blue Gene планируется завершить к 2004 году, строительство Blue Gene/L, мощность которого составит около 200 TFLOPS, — годом позже.