Проект Ensembl направлен на предоставиление в Internet доступ к последовательностям генов, в том числе человека, мыши, комара. Исследователи собрали все эти данные в базы, построенные полностью на основе свободно распространяемой БД MySQL
Среди участников конференции разработчиков свободно распространяемого программного обеспечения O?Reilly Open Source Conference было два ученых — Иван Берни, руководитель группы по изучению генома Европейского института биоинформатики, и Джим Кент из Калифорнийского университета в Санта-Круз. В своем выступлении они особо подчеркнули преимущества открытого характера проведения разработок как в области компьютерных систем, так и в науке.

«Я не думаю, что можно добиться научного прогресса без открытости», — считает Кент, который принимал активное участие в формировании первого искусственного генома человека и теперь разрабатывает браузер для генома — особое приложение, которое позволяет перемещаться по размещенным в Internet базам данных с информацией о генах.

В генетических исследованиях открытость имеет основополагающее значение, поскольку именно она позволяет ученым находить решения, которые могут принести пользу людям. «У нас есть 3 Гбайт информации (около 99% всего генома человека), и то, что мы знаем о людях, должно каким-то образом быть закодировано в этих трех гигабайтах, — заметил Берни. — Здесь представлено все, что касается биологии человека».

В связи с тем, что изучением структуры генома человека занимается исключительно большое число некоммерческих исследовательских организаций и частных компаний, было принято решение предоставить свободный доступ к этой информации. Аналогичная позиция имеет приверженцев и в отрасли ПО. На конференции O?Reilly разработчики высказали свое мнение о необходимости предоставить свободный доступ к программному коду для его анализа и изменения.

И в науке, и в ИТ открытость помогает гарантировать качество продуктов — исследований и программного обеспечения.

«Нельзя заниматься наукой, не имея воспроизводимых результатов, — утверждает Кент. — Люди не могут сделать этого, если они не видят исходных материалов».

Некоторые разработчики свободно распространяемого программного обеспечения утверждают, что те же самые стандарты достоверности, которые применяются для проверки научных экспериментов, должны распространяться и на тестирование программного обеспечения. Как считают многие участники конференции, доступ к коду дает программистам возможность проанализировать программы и установить ошибки.

Разработчики, которые не стремятся делать свой код открытым, серьезно рискуют выпустить программное обеспечение, изобилующее ошибками.

Участники конференции не просто декларируют свою приверженность идее открытости программного обеспечения, они воплощают эту стратегию. Проект Ensembl, который возглавляет Берни в Европейском институте биоинформатики, заключается в том, чтобы предоставить в Internet доступ к последовательностям генов, в том числе человека, мыши, окуня, комара. Исследователи собрали все эти данные в базы, построенные полностью на основе свободно распространяемой базы данных MySQL. Она также поддерживает работу двух центров обработки данных, в которых установлено около 800 оснащенных ОС Linux серверов-лезвий производства RLX Technologies.

Поделитесь материалом с коллегами и друзьями