Исследователи генетической структуры используют сеть из двухсот серверов AlphaServer

Компьютерные системы для одного из самых амбициозных проектов 2000 года — определение структуры генома человека — предоставлены корпорацией Compaq Computer. Используя вычислительные ресурсы более двухсот серверов AlphaServer и базу данных размером от 70 до 80 Тбайт, ученые получили возможность определить 3,12 млрд. базовых пар ДНК, которые составляют генетическую структуру и служат своего рода «инженерным планом» тела человека. Ученые рассчитывают использовать базовые пары для изучения связи хромосомных наборов с различными заболеваниями, обменом веществ и для многого другого.

Воссоздание последовательности генов — задача непростая с точки зрения информационных технологий. Компания Celera Genomics приступила к развертыванию огромного центра данных осенью 1998 года. Эта сложная вычислительная инфраструктура, составленная из уникального оборудования и программного обеспечения баз данных, включает: автоматизированные машины для определения последовательности генов 300 ABI PRISM 3700, выпускаемые компанией PE Biosystems, которые передают данные на серверы Compaq AlphaServer с операционной системой Tru64 UNIX и программным обеспечением TruCluster; рабочие станции Intel-архитектуры, подключенные к серверам под управлением Windows NT; сеть Gigabit Ethernet, развернутая на базе волоконно-оптического кабеля длиной более 320 км и медной проводки 10Base-T (также длиной свыше 320 км), используемых для связи компьютеров.

Как утверждает Маршалл Петерсон, вице-президент Celera по технологиям, программное обеспечение, разработанное в Celera, было опробовано на серверах старшего класса IBM, Compaq и SGI. На платформе IBM вычисления тестового примера, состоявшего в сборке генома туберкулеза, продолжались 87 часов, в то время как у серверов Compaq это заняло всего семь часов.

Дело в том, что Compaq выразила готовность предложить для этого проекта собственный опыт. По словам Петерсона, это и повлияло на выбор в пользу Compaq: «Они стремились помочь нам оптимизировать наш программный код для своей архитектуры».

Поделитесь материалом с коллегами и друзьями