Улучшена поддержка SSL — серверный демон mysql может использовать протокол шифрования трафика к базе данных, исходящего, например, из Windows-приложения, не защищенного межсетевым экраном. Windows-версия механизма хранения InnoDB поддерживает технологию Address Windowing Extensions, позволяющую использовать до 64 Гбайт оперативной памяти при 32-разрядной адресации. Добавлена поддержка Unicode и типов данных стандарта GIS, используемых в картографических информационных системах. MySQL 5.0, запланированная к выходу на конец 2003 года, будет поддерживать хранимые процедуры и триггеры.