Дело в том, что в состав RTLinux включена якобы запатентованная программная технология, распространение которой регулируется особой лицензией, ограничивающей условия распространения ядра Linux вопреки GNU GPL. Как считают в FSF, использованная FSMLabs методика обработки прерываний в реальном времени уже применялась ранее и потому патентованию не подлежит. Поскольку FSF не имеет авторских прав на Linux, она не может юридическим путем принудить кого-либо к выполнению условий GPL. Однако организация намерена способствовать признанию патента недействительным.